Desde la Coordinación de Investigación del Departamento la docente candidato doctoral Coy Mondragon Tathiana Yesenia ha organizado y fomentado la cultura investigativa, por medio de la colaboración de docentes investigadores integrantes del Departamento con formación científica de alto nivel y la implementación de estrategias que acerquen a la comunidad al espíritu del método científico.
Se cuenta con el grupo de investigación coordinado por el PhD. Vargas Cruz Jossitt Williams. El Grupo de Ciencia Aplicada Tunja – GCAT, creado en agosto de 2017, se fundó bajo dos líneas de investigación principales que son Ciencia de los Materiales y Ciencias Aplicadas. GCAT es un grupo reconocido por Colciencias y se está trabajando de manera grupal para elevar su categoría. Actualmente el grupo tiene una nueva línea de investigación denominada Enseñanza y didáctica de las Ciencias Básicas, con la que se aspira incrementar aún más la proyección social e investigativa del grupo. Se cuenta con alrededor de 20 integrantes activos, profesores con título de Doctorado, maestría y profesional.
La investigación que se desarrolla en el departamento orientada desde los parámetros de países de primer nivel en desarrollo científico, implementando el uso de la herramienta de edición de texto científico LATEX para docentes y estudiantes, enfocado en temas de investigación en ciencia e ingeniería de nuevos materiales (nanotecnología), en cálculos teóricos, diseño y sintetización de los materiales además en temas de educación aplicados a las ciencias. Actualmente se ejecutan tres proyectos internos y uno interinstitucional, coordinados desde el grupo de investigación de Expedicionarios Humanistas en la línea de epistemología y apropiación de la ciencia. Se ha registrado también un incremento en el número de publicaciones internacionales por parte de los docentes investigadores del departamento.